由于水箱內的水溫一直保持在高溫狀態，這樣就會使水中的碳氫根與鈣、鎂等離子相結合，形成不溶于水的碳酸鈣和碳酸鎂，俗稱水堿。然后隨著水分的不斷蒸發和濃縮，水堿含量不斷增加并達到飽和后就形成了水垢。
因此添加含有濃度較高的鈣鎂離子的純凈水反而會比加入普通自來水更容易形成水垢，因此給水箱添加這種純凈水對抑制水箱水垢的形成完全沒有任何作用。
車輛循環水路內水垢的危害:
大家都知道，水箱在正常工況下是起散熱作用的，但是一旦水箱四周產生水垢，就會大大影響水箱的散熱作用。因為水垢的導熱系數很低，僅是鑄鐵的1/25，黃銅的1/50，形成于缸體襯里及缸蓋水道的水垢，使局部區域因散熱性變差而溫度上升，會導致發動機薄弱部位產生裂紋及缸蓋變形。
它還不僅僅使冷卻系統散熱性能變差，出現局部高溫區，惡化潤滑條件，使發動機溫度升高，加速發動機系統的磨損;還堵塞散熱管或冷卻系統管路等，大大降低傳熱效率，使發動機過熱直接危害駕駛人員的安全。
人工清理法:
需把水箱拆卸下來，用人工錘、刮、鏟等清除水垢;除垢效率低、勞動強度大，不易清除干凈，易造成水箱二次損害。
普通水垢清洗劑:
需拆卸水箱，清除不徹底、異味大、腐蝕性強，易造成水箱老化，縮短其使用壽命。
專業水箱除垢劑:
將專用的水垢清洗劑倒入汽車水循環系統中，讓其浸泡、怠速循環或行駛20-30分鐘后，將水箱及系統內部的除垢劑排放掉，加水反復沖洗干凈既可有效清除發動機水循環系統中的水垢、銹、泥及各種有害物質。
雖然清理水垢是有辦法，但是車主在平時還是要注意減少水垢的產生，要注意使用防凍液，千萬別用普通的水來代替防凍液，因為防凍液除了防凍外，還能減少水箱開鍋的現象發生，如用普通水，不能避免開鍋不說，水里面的礦物質還會加速水垢的形成。
